限制性内切酶作用于磷酸二酯键,那么碱基之间的氢键如何断开?

限制性内切酶作用于磷酸二酯键,那么碱基之间的氢键如何断开?
基因工程中提取目的基因和切割运载体的时候用的工具是限制性内切酶,但是这种工具酶作用的部位是脱氧核苷酸之间形成的磷酸二酯键,不是氢键,那么请问作用部位的碱基对之间的氢键如何断开?