Had it not been for the alarm clock she wouldn't have been late.

首先,这句话的意思是：如果不是因为那个闹钟,她就不会迟到了.（可能闹钟坏了.）
这句话里面的for是“因为”的意思,比较少见.
另外,这句话的前半句 had it not been for the alarm clock,是一般现在时的虚拟语气的倒装结构.如果把句子顺过来,其实就是If it hadn't been for the alarm clock...这里省略if而把虚拟动词had提前,是虚拟语气的常用形式.
再进一句,为什么后半句是wouldn't have been?这个也是和虚拟语气的整体句子结构有关.前半句虚拟语气用的是过去完成时结构,那么虚拟语气的主句就要用would+现在完成时 结构.这个是死的,语法的东西,要记住了.