Some of the roads were flooded,____made our journey more difficult.

填which
这是一个由which 引导的非限制性定语从句,指代整个主句（一些道路被淹没这件事）Some of the roads were flooded，整个主句做先行词，这是which引导非限制性定语从句的一个用法，（既可以指主句中的一个词，也可指整个主句）。