but these has not had any effect

楼主的第一个问题：一个句子前后是可以使用同一个时态的,这表示前后两个动作同时发生或者可以没有时间的分别.
第二个问题：
1.首先要清楚,have的时态,现在时：have.过去分词：had.
2.现在完成时的表示：表肯定：has/have+动词过去分词 表否定：has/have+not +动词过去分词
3.句中have not had 是现在完成时.其实后半句有一个词组：have an/any effect (on)意思是有影响.”but these have not had any effect“中的“had"就是have an/any effect on中的have,只不过用了过去分词形式,也就是 have not had any effect它的结构其实就是：have+not+had any effect（现在完成时的否定）
所以楼主不能单单拆下“not had any "来分析.
例句：Smoking has had a bad effect on health (我自己造句的,希望楼楼别介意,\(≧▽≦)/~）
意思是：吸烟对健康有着不良影响（就是我们常说的：吸烟有害健康）