这句话水由氢原子和氧原子（不是直接）构成 对吗

不对的,就像语文里的搭配不当一样.
应该说：水分子由氢原子和氧原子构成,水由氢、氧两种元素组成,水由水分子构成.间接构成呢“水由氢原子和氧原子构成”意思就是水由原子构成，间接要说“氢原子和氧原子先构成水分子，然后水分子再构成水”。否则会造成混乱的，例如氯化钠不能说由氯原子和钠原子构成，是原子先形成离子，再由离子构成的。