Was.because of the heavy rain that the river flooded

选B.这是强调句型“It is/was……that……”的疑问句式.be动词和that之间是被强调的内容.
例如本题,强调的就是“because of the heavy rain”.强调句翻译的时候也有特点,这句话的意思是“就是因为这暴雨,河流才暴涨的吗?”